Historia Kościoła grekokatolickiego w Polsce sięga 1596 r., gdy na Synodzie w Brześciu większość prawosławnych władyków, których diecezje leżały na terenie Rzeczypospolitej podpisała akt unii z Rzymem, uznając tym samym władzę papieża. Unitom zagwarantowano zachowanie wschodniego obrządku w liturgii, własnej hierarchii kościelnej i prawa kanonicznego.
Skąd na ziemi pruskiej wzięli się wyznawcy wschodniego Kościoła? Wystarczy podstawowa wiedza historyczna żeby odpowiedzieć sobie na to pytanie, a czasem nie potrzeba żadnej wiedzy wystarczy strzelać - II wojna światowa. W 1947 r., w ramach wysiedleńczej akcji Wisła z etnicznych ziem ukraińskich z okolic Tomaszowa Lubelskiego, Nadsania, Bieszczad i Łemkowszczyzny wywieziono tysiące greckokatolickich rodzin i osiedlono je wzdłuż zachodniej i północnej granicy Polski. Dlaczego? Bo po przymusowych wysiedleniach Niemców ziemie te były puste. Wielu grekokatolików ulokowano w poniemieckich gospodarstwach w okolicach Elbląga.
Jednym aspektem było mieszkanie i ziemia, którą można było rozdać, kolejnym, była sfera duchowa i problem asymilacji. Pozbawieni swych świątyń Ukraińcy w Elblągu i jego okolicach długo szukali sobie miejsca, uczęszczali więc na msze do kościołów rzymskokatolickich, a także do utworzonej w Elblągu cerkwi prawosławnej.
Po 1956 r., nastała sprzyjająca sytuacja i w kilku pobliskich miejscowościach kapłani greckokatoliccy zaczęli nieoficjalnie odprawiać nabożeństwa w obrządku greckokatolickim, wierni z Elbląga rozpoczęli starania o msze św. na terenie miasta. Jednak dopiero w czerwcu 1974 r. w kaplicy sióstr Katarzynek na ul. Zamkowej w Elblągu zaczęto regularnie celebrować msze święte.
Pierwszym proboszczem był ks. Jan Jaremin - długoletni kapelan szpitala miejskiego w Elblągu. Dzięki życzliwości elbląskiego duchowieństwa w 1984 roku grekokatolicy otrzymali na własność kaplicę przy ul. Traugutta, z której korzystają do dziś. Pozwolenie na budowę nowej świątyni, parafia Narodzenia Świętego Jana Chrzciciela otrzymała w 2010 r. i wtedy też zaczęły się prace. Świątynia będzie miała kształt ośmiokąta, a w jej sąsiedztwie stanie budynek, w którym mieścić się będzie Ośrodek Doradztwa Rodzinnego z funkcją mieszkalną.
W nabożeństwach uczestniczy około 200 rodzin (ponad 350 osób) zamieszkałych w Elblągu i w najbliższych okolicach. Obecna świątynia jest zdecydowanie za mała, jak na ich potrzeby. Nowa powstanie za około 5 lat.